Tomáš formou-se na Faculdade de Humanidades da Charles University e posteriormente passou um ano no Departamento de Edição de Filmes da FAMU. Correalizou a longa-metragem "Hives" (2012), uma colaboração entre cinco escolas de cinema europeias e foi apresentado nos festivais de cinema de Pule e San Sebastian. Tomáš Kratochvíl deixou a sua marca como documentarista com ‘Gadžo’ (2014), um diário cinematográfico da sua estadia de seis meses numa comunidade cigana socialmente excluída. A sua longa-metragem "Czechs Against Czechs" (2015), uma continuação solta de "Gadžo", recebeu o Prémio Especial de Reconhecimento do Júri no Jihlava IDFF e ganhou o prémio máximo no AKE DIKHEA? Em Berlim. Questões sociais e raciais, bem como cansativos processos legislativos, são o foco de seu documentário ‘Hostels’ (2015). O filme ‘Refugiados’ (2016) retrata a situação nas fronteiras turcas e o Estado Islâmico, bem como o contrabando na costa turca. O próprio cineasta fez-se passar por refugiado e, com uma câmara escondida, capturou complexas negociações com os contrabandistas e a travessia marítima num bote de borracha. O documentário "Classmates" (2017) explora a divisão da sociedade checa por meio do diálogo entre os seus ex-colegas de uma escola abrangente rural. Tomáš filma e contribui regularmente com documentários de conteúdo ambiental ou histórico para a televisão checa.